脑叶公司创立之前
曾经，Ayin以“无限能源技术”而创建脑叶公司，名义上是生产清洁能源但其实是进行所谓“光之种”计划。
在脑叶公司的众多分部中，其中一个特殊的分部就由Ayin与Angela及Sephirah们管理，秘密的进行光之种计划。
在创建脑叶公司之前，Ayin其实也在秘密进行此计划，但是由于种种原因而不得不创建脑叶公司以继续研究。
脑叶公司中
在X担任脑叶公司主管之前，Ayin一直管理着脑叶公司，出于一些原因，他不得不设定了“光之种”剧本，然后清除了自己的记忆成为了X。
Angela在被制造之初，原本是十分关心员工们的，但是由于它进行的一次又一次行为被“光之种”剧本阻止并逆转时间到最开始，在这种无尽的循环下，Angela变得麻木不仁，并沦为了复读机，Sephirah的台词记得一清二楚，还要使Sephirah们情绪崩溃以抑制核心，并拥有了自主意识，使得她在光之种发射后夺取了光之种的4/7的能量。
（待补充）
游戏结局
如果没有抑制所有Sephirah的核心，那么在Day47~Day49之间Ayin的变体会强行中断游戏，除非玩家进行重新开始并抑制所有未抑制过的Sephirah的核心，否则无法到达Day50。
Day 47（没有抑制所有上层Sephirah的核心）
Abel认为主管的能力不足，并让主管离开了脑叶公司。
Day 48 (没有抑制所有中层Sephirah的核心）
Abram因为悔恨进行的“光之种”计划是做无用功并惋惜此计划伤害了许多的人，然后Abram在绝望中启动了脑叶公司的自毁程序，最终脑叶公司自毁，所有职员以及Abram与Carmen共同长眠于地下。
Day49 (没有抑制所有下层Sephirah的核心）
Adam将脑叶公司投射至地表上,发射了逆光之种，使世界上每一个人都变成异想体,世界一片混乱。
Day50
Ayin最终与光之种的光芒相结合而永远消失.
现在，该是我们退场的时候了。请不要悲伤，就算我们即将消逝在光芒之中，但我们绝不会被世人遗忘。
——???(Day50)
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