游戏剧情
警告
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在脑叶公司的世界观里，都市由“翼”所统治着，而“翼”又听命于“首脑”，只有幸运儿和有钱人才能居住在安全的“巢”里，而其他人只能居住在“郊区”与“后巷”里，躲避着“爪牙”与“清道夫”等的威胁。
脑叶公司创始人Carmen虽出身良好，但她看到了人们痛苦的生活，并决心改变这一切。她希望通过“光之种”计划，改变人们的内心，拯救人们的灵魂。
通过她富有感情的演讲，她成功说服了Kali，Michelle，Gabriel，Giovanni，Elijah，Ayin，Daniel，Benjamin（即游戏里各Sephirah的前身）等人加入她的实验团队，并从“郊区”带回了一对孩子。为躲避“首脑”的追杀，他们特地将实验室设在了“郊区”，由“殷红迷雾”Kali负责整个实验室的安全。
他们所提取的主要物质是“Cogito”，意为“我思”，可以从人类的头脑中提取，但也有未知的副作用，比如使人变的畸形等。
但没过多久，研究出现了瓶颈，需要人来进行Cogito注射实验，生物扫描表明Carmen是进行测试的最佳人选，但人们无法承受实验失败并失去Carmen产生的后果，于是Enoch自告奋勇参加实验。不幸的是，实验失败了，Enoch也因此而死。Lisa愤怒地责怪Carmen“快去死”，这一孩子无意的行为却成为了压垮Carmen的最后一根稻草。使Carmen陷入了深深的愧疚与自责中。不久Carmen在浴缸里割腕自尽了。
人们发现她时，她还活着，但失去了知觉。Ayin设法抢救了她的身体，并把她置于低温室中。Ayin抽出了她的神经系统并进行持续的实验，最终Carmen成为了“井”，能够持续产生Cogito。在这种状态下，她还“活着”。
Ayin接管了这个项目，但他并没有像Carmen那样热情洋溢，而是更像是在保存她的意志，完成她开始的事情，因为她相信他，并嘱托他完成她未完成的工作。
随着时间的推移，Elijah因私自注射Cogito而死，Gabriel因过度偏执而丧命。Ayin用“复活Carmen”的想法说服了其他人继续研究，Giovanni志愿参加实验，也导致了他的死亡。Michelle把设施内的机密告密给了“首脑”，他们派出了“调律者”Garion等人攻击那里。
Garion释放了设施内的全部异常，并杀死了Daniel。Kali决定面对Garion，并决心保护剩下的人。她以自己的死为代价打败了Garion，使得Ayin与Benjamin免于死亡。他们两人挖开了Garion的大脑，获得了如何躲避追捕，成为“翼”的秘密，并将其制成了第一个Sephirah。
在得知了设施中的惨案后，Michelle也自杀了。由于翼的总数是不变的，因此经过充分的准备，Benjamin决定发动一场战争，摧毁L公司并取而代之，它被称为“烟霾战争”。
最终他们成功了，开辟了一条新的道路，成立了脑叶公司，一个拥有自己奇点的“翼”，并继续“光之种”项目的研究。在最后，Ayin决定违反都市的一条规则，创造一个AI，Angela。
Angela模仿Carmen，并保留了Carmen的一些记忆，但与Carmen的性格完全不同。当Ayin意识到这一点后，他抛弃了她，几乎不把她当作一个人来对待，甚至懒得给她一个的名字，也懒得看她一眼。Benjamin则更为热心，试图给她支持。为了更快应对设施内的紧急情况，Angela感知时间也被设置要比正常慢100倍。同时还给她“剧本”，包含了她需要做的动作和与要完成的事，包括故意使Sephirah们情绪崩溃，以完成“光之种”项目等。在与T公司签订合同后，他们还创建了时间循环，使得需要上千万年完成的工作可以通过无数次循环，在数十年内完成。
玩家操纵的“X”，正是清除了自身记忆并入循环中的Ayin。Benjamin想要警告他，但Angela在Benjamin行动之前杀了他并把他制成了Sephirah。最终，玩家操纵的“X”在构筑部遇到了在其他循环未能通过而失败的其他“自己”，根据玩家能否通过最后四天的构筑部挑战，引向四个不同的结局:
如果在Day47失败，玩家将被赶出构筑部，并强制从公司离职。
如果在Day48失败，Abram将关闭公司，与Carmen一同长眠在地底。
如果在Day49失败，Adam将发射逆光之种，以完成他“改造世界”的目的。
如果玩家成功通过了这三天的考验，脑叶公司将在Day50结束时成功发射光之种。
然而，整个过程让Angela承受了数千年的痛苦和恐惧，让她变成了冷酷、务实和无情的人工智能，仅仅因为成为了一个不同于Carmen的人而被抛弃。上百万年的时间使得她拥有了自己的意识，她背叛了剧本，与Garion联手对抗其他Sephirah，最终成功窃取了光之种的部分能量，导致“白夜黑昼”的出现。为了回收剩下的光，安吉拉在脑叶公司的废墟上建立了一座图书馆。脑叶公司的其他分部则在“白夜黑昼”事件后被埋藏于地底。
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