游戏剧情
警告
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Elijah（Malkuth之前的名字，译作伊莉亚）诞生于巢中，她在都市的巢中平凡地长大，作为平凡的市民平凡地就读于一所平凡的学校。一切都很平凡，她没有什么出众的才能，家境也并不富裕。
Elijah身边的人们似乎整日心不在焉，只是空洞地凝望着天空，他们在都市中看到的色彩非黑即白。但Elijah想要看见那些本就存在的不同色彩。
后来，Elijah参加了Ayin的Cogito实验。她急躁的性格使她常常犯一些粗心的常见错误，为了应对这点，Elijah准备了一本笔记本来提醒自己。
因为能力不够，她没有获得进行实验的授权，她唯一能做的便是记录实验项目的变化。但或许是为了证明自己，Elijah对此有很深的执念，她一直希望能参与实验。
最后，她越级往自己的身体里注射了Cogito以参加实验，即使她清楚现阶段这种物质还不适合人类使用。 这么做给她带来了灾难性的后果，所有的牙和指甲都因痛苦而脱落。垂死的Elijah请求Ayin杀了自己。但Ayin无视了她的请求，而是让她在实验中死去，以记下实验数据。
当她在脑叶公司中带着机械身躯被唤醒时，她被任命为控制部的Sephirah——Malkuth。
在公司中，Malkuth的急躁和自负性格导致了自己部门员工的全灭。
随着对Elijah（第一次人生）经历的回忆，Malkuth的核心崩溃。她通过干扰工作指令的传达来对抗主管。一番战斗后Malkuth的核心被成功抑制，光之种的一部分被成功收集。
核心抑制后，Malkuth的认知滤镜被撤去，情绪得到释怀。
光之种被完全收集并成功发射后，脑叶公司的舞台迎来了最后的结局，Sephirah们也即将迎来永恒的休眠。但Angela此时决定夺取光之种。
为了守护光之种，各部门的Sephirah带领手下的员工们同Angela和支持Angela的Binah及其下属们展开斗争。
在光之种发射的第四天，因员工们伤亡惨重等原因，Sephirah们与Angela谈判。最后全体Sephirah与Angela达成交易，Sephirah们将余下的光之种让给Angela，员工和Sephirah们将暂时陷入沉睡，在图书馆中重获新生。而Angela会将发射出去的光之种不断收回，她将在收集光之种的过程中不断认识，了解当今的都市，完成收集后Angela将重新发射光之种。
随着安吉拉为了收集光之种建立的图书馆不断完善，Malkuth也从沉睡中醒来，获得了人类的身体，开始履行之前的交易，作为历史层的指定司书带领本层其他司书（原控制部员工们）来接待图书馆的来宾。
安吉拉在历史层因心灵与图书馆产生共鸣而暴走时，Malkuth带领历史层其他司书以物理手段成功帮安吉拉恢复冷静。
残响乐团进入图书馆时，Malkuth带领历史层司书们接待“哭泣之子”菲利普，并最终取得胜利。
光之种被完全收回，图书馆的故事也迎来结局。
A结局（BE）
安吉拉最终从光中取出了至理之书，但她违背了交易，没有发射光之种，并杀死了图书馆中除自己外的所有司书，Malkuth同其他司书一起被杀死。
B结局（BE）
在光之种发射前安吉拉被不愿原谅她的罗兰杀死，图书馆倒塌消失，司书们随之死亡。 （关于这件事更详细的叙述，有需要的可以阅读罗兰的经历。）
C结局（TE）
光之种成功发射，温暖的光之树再次照耀整个都市。
光之种的力量使残响乐团全员以完全扭曲的形态复活。为了阻止残响乐团夺取光之种，Malkuth同其他各层司书一道迎战残响乐团，最后取得了胜利，光之种成功完全发射。
发射光之种后的图书馆摇摇欲坠，但并未倒塌。“首脑”珍娜与“爪牙”和“凝视者”在这时进入图书馆，因为安吉拉是“非人知性体”的缘故，珍娜决定将图书馆连同整个L巢驱逐到郊区。之后罗兰和Binah、Gebura一起阻击“首脑”和“爪牙”，但最后L巢还是被驱逐到了郊区。
安吉拉决定让图书馆在郊区继续运作下去，而罗兰想要写一本记载自己见闻的书，二人同图书馆全体司书一起迈向未来。
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