Garion（Binah之前的名字，译作加里翁）作为都市管理机构——首脑中的调律者，在接到对Ayin的研究所的清除任务后，携带两名“爪牙”前去对研究所进行抹杀。
凭借着首脑的奇点技术，Garion打开了监控室的大门，并逼迫当时的值守人员释放出了研究所里所有的异想体。异想体和“爪牙”们屠杀了研究所里的大部分人员，但遭到了Kali的殊死抵抗，她镇压了那些异想体并杀死了“爪牙”。Kali打乱了Garion的计划，她不得不亲自与Kali对战。在遭受Kali的重创后，Garion被幸存的Ayin等人抓住。
为了知道那些仅凭Ayin他们自己无法得知的信息，比如如何躲避首脑的追踪，如何让幸存的人们活下去……他们挖开了她的脑袋来寻找这些信息。
Daniel（Chesed之前的名字，译作丹尼尔）出生于巢中的一个人人羡慕的富贵名门。家庭的实力和背景使Daniel无需在意成长的环境，不必担心未来的走向。Daniel自己头脑也相当不错，有出色的社交技巧和人格魅力，可以说是位社会精英。
因为他的姐弟们都早已轻轻松松地在翼中就职，所有人都期待着他入职A公司（“首脑”管理的公司），身居高位。入职人人都渴望的翼对他来说易如反掌，理所应当。那时的Daniel甚至无法理解为什么要削尖脑袋挤进那家无聊的公司。
然而有一天，Daniel在后巷附近被人绑架了，绑架他的是收尾人Kali。还没等Daniel反应过来，就看见Kali和她的朋友Carmen在吵架。
原来他们在追捕一个盗用Carmen研究经费行诈的骗子，而在Kali看来，Daniel长得很像骗子。 在Carmen和Kali向Daniel道歉后，Daniel准备回家。但Carmen说既然来都来了，就帮她一个忙吧。毕竟像Daniel这种浑身散发着金钱气息的家伙，只要站在边上就能帮上大忙。 Daniel稀里糊涂地应了下来。但Carmen并没有要求Daniel做什么，自己却跑去后巷某个角落里演讲（招募成员）了。即使无人在意Carmen的话，她依旧热情洋溢。Daniel认识到Carmen跟他曾见过的人不同，她有着能踏上无人前往之路的眼睛和声音。
演讲结束后Carmen和Kali一并送Daniel离开。在归途中，Daniel第一次听见了、看见了后巷地狱般的光景。Carmen和Kali告诉了他在后巷发生的一切，巢中的人们被毫无意义地剥削压榨……回到巢中后，不知名的罪恶感令Daniel彻夜颤抖。
Daniel决定加入Carmen的研究团队，虽然家里有一些问题，但Daniel还是成功加入了研究团队。Daniel想为他人使用自己的能力，创造更美好的世界。
当“首脑”派来的“调律者”前来抹杀研究所时，Garion凭借“首脑”的奇点技术轻易地进入了研究所，礼貌地要求Daniel释放所有异想体，Daniel只能照做。因为恐惧，Daniel没能将他的同事们救出去，不得不看着他们一个一个死在他的面前。
在他的生命结束前，他用内部通讯设备和Ayin（研究团队核心成员之一）进行了最后一次通话，说明了研究所内的状况，通话是在一片无助的沉默中挂断的……
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Kali（Geburah之前的名字，译作卡莉）生于恶名昭彰的23号巷，她七岁时，正是帮派为了争夺地盘和肃清闹的最凶的时候。Kali在那段时间里最初的记忆就是看着眼前一地的血肉脏器，独自缩在角落里哭泣。
她附近的孩子和邻居们大多都会在后巷中消失，但她凭借着运气和自己的智慧活了下来。二十岁那年，她成为了一名收尾人。
或许是因为成长经历，她在工作方面还算拿手。为了答谢从小照顾过自己的几位邻居，她分给邻居们一些收入，并下定决心要凭自己的力量保护他们。
但一个月后，那几位邻居联合公寓里其他人，趁着夜间潜入Kali家中，将她绑起后搜刮她家中的钱财。Kali最后在愤怒和悲伤中挣脱，杀死了他们。
Kali继续从事着收尾人的工作。很快她已经是二阶收尾人了。一天，她偶然听见了Carmen在后巷中的演讲，Carmen对人们说自己能斩断都市中的痛苦循环。Kali认为像Carmen在这样生在巢中的大小姐根本不清楚后巷的情况，于是她抓住Carmen向她怒斥:“你又知道多少后巷的痛苦，尽在那一派胡言。”Kali本以为Carmen会被自己吓哭，没想到Carmen却反问她:“你对巢中的痛苦又知晓几分?”Carmen给Kali留了张名片，让Kail如果感兴趣就来与她合作。
Kali在考虑后决定协助她，Kali在Carmen的研究所第二次见到她时，Carmen拜托Kali守护这里的人们。Kali还认识了Ayin等同事。 在之后的日子里，Kali一直保护着整个研究所。 一次偶然的机会，Kali和Carmen认识了Daniel，Daniel后来成为他们的同事。
Carmen在研发出第一件原型E.G.O武器后，便将这把武器托付Kali使用，随着她不断使用这把武器，Kali也凭自己的意志展现出了自己的E.G.O护甲。E.G.O带来的强大实力使她被协会赋予了色彩，她开始谱写“殷红迷雾”（血雾）的传奇。有关她的英雄传说传遍了整个后巷。
在“调律者”Garion带着爪牙进攻研究所时，Garion释放了大量异想体，Kali拼死抵抗，她成功保护了一部分人免于死亡，杀死了大部分异想体和三名爪牙，使Garion不得不亲自与她交战，最后Kali重创了Garion，但自己也在这次战斗中死亡。
Michelle（Hod之前的名字，可以译作米切莉）出身于巢中，她是Carmen团队中最年轻的成员。
Ayin（Carmen研究团队核心成员之一）在Michelle加入实验前就提醒过她，他们所进行的实验是与“首脑”的指使相违背的，危险性很大。因为她还很年轻，Ayin希望她慎重考虑后决定。
但Carmen对Michelle给予了肯定。Carmen认为Michelle年纪轻轻就具有加入他们实验的能力，说明她很有天分。
然而，Michelle的胆怯性格使得她成为了一个极易被利用的目标。在Carmen死后，再没有人像Carmen那样给予Michelle关心， 在目睹了身边的几位同事死于实验，团队对活人进行药物实验等行为后，Michelle被自己的恐惧所掌握。她逃离了团队，背叛了大家，将团队正在进行的实验，以及他们犯下的罪行一五一十地上报给了“首脑”。
或许这不是“首脑”后来对这座位于郊区的研究所进行抹杀的直接原因[1]，但这引起了“首脑”的注意。之后“首脑”派遣了“调律者”对研究所进行抹杀，只有少部分人幸存了下来。
在听闻这场屠杀后，Michelle心中充满了愧疚和负罪感，她选择了自杀以求解脱。
Benjamin（Hokma之前的名字，译作本杰明）是Ayin的学生、助手和朋友。
Ayin是Benjamin最尊敬的学者，Benjamin认为自己的才学在Ayin面前简直不值一提。Carmen（Ayin的老师）的实验处于瓶颈期时，Benjamin加入了Ayin的团队，成为了Ayin的学生和助手，和他们一起进行研究。
在Carmen死后，Ayin继续领导团队进行实验，但同时他希望通过创造一个AI来成为Carmen，实现Carmen的愿望。
Benjamin与Ayin一同研发AI。但因为首脑制订的《人工智能伦理修订案》严禁拥有人类情感的机器存在于都市，创造AI有很大的危险性，他也曾数次劝阻过Ayin，他们可以创造无数个优秀的AI，但没有一个能成为Carmen，但Ayin仍决定一路向前。
在AI研发进行了一段时间后，研究所便遭到了“调律者”的袭击。研究所近乎全灭，凭着收尾人Kali的拼死保护，Ayin和Benjamin等少数成员逃过一劫。他们抓住了被Kali重创的调律者，利用她知道的信息来躲避“首脑”的追踪，重新开始研究。
在那之后，Benjamin同Ayin一道建立了脑叶公司，并制订了收集光之种的“剧本”。
最后，那个AI在深埋地下的脑叶公司分部中诞生了，Ayin虽不愿面对她，但在Benjamin的劝说下，Ayin将她命名为“Angela”。
Ayin厌恶着自己的造物 认为她只是一台机器，Benjamin却认为Angela不是人类也没关系。
之后，整个埋在地下的脑叶公司分部将按照“剧本”所运行。Ayin清除了自己的记忆，作为新上任的主管“X”开始管理公司，而Angela依照Ayin的指令，尽量让整个公司依照“剧本”所要求运作。
一旦公司内发生与剧本相违背的作为，整个公司就会被带回剧本的开头。但因为“剧本”十分复杂，公司内不断重复着“剧本错误——剧本重新开始”这一循环。
在这期间，Benjamin为了终止这个循环，独自潜入公司，想告诉X（Ayin）真相，但他被Angela抓住了。
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Elijah（Malkuth之前的名字，译作伊莉亚）诞生于巢中，她在都市的巢中平凡地长大，作为平凡的市民平凡地就读于一所平凡的学校。一切都很平凡，她没有什么出众的才能，家境也并不富裕。
Elijah身边的人们似乎整日心不在焉，只是空洞地凝望着天空，他们在都市中看到的色彩非黑即白。但Elijah想要看见那些本就存在的不同色彩。
后来，Elijah参加了Ayin的Cogito实验。她急躁的性格使她常常犯一些粗心的常见错误，为了应对这点，Elijah准备了一本笔记本来提醒自己。
因为能力不够，她没有获得进行实验的授权，她唯一能做的便是记录实验项目的变化。但或许是为了证明自己，Elijah对此有很深的执念，她一直希望能参与实验。
最后，她越级往自己的身体里注射了Cogito以参加实验，即使她清楚现阶段这种物质还不适合人类使用。 这么做给她带来了灾难性的后果，所有的牙和指甲都因痛苦而脱落。垂死的Elijah请求Ayin杀了自己。但Ayin无视了她的请求，而是让她在实验中死去，以记下实验数据。
Gabriel（Yesod之前的名字，可以译作加百列）严谨而冷淡，不愿在工作以及生活中表现出过多的个人感情。当Elijah因实验而死后，Gabriel以平静和理性的态度评判了这次事故，认为Elijah的死亡归咎于她自己粗心的过失。
但实际上，Elijah的死在他的心里留下了极深的阴影。他迫切地不希望再看到更多的人死去。他将这种感情隐藏在心中，并试图用“理性”压制它。然而，他的理性变成了强迫，最后演变成了一种病理性的偏执。
由于没有安全感，Gabriel开始穿更多的衣服。最后，他再也无法忍受身体的哪怕是一小部分暴露在外，开始不自觉地抓挠自己的皮肤。注意到他的异常的人们认为他被什么东西影响或感染了，他们强迫他参加了检查，检查结果却是他没有受到任何感染。
Gabriel的情况并没有因此好转，他比以前更疯狂地伤害自己，最终导致了他的死亡。